그래서 widget이다 layout이다 사용하는 것입니다. (이부분은 검색해보세요)

컨트롤러에서 로그인이 되어있을 경우에 보여줘야할 data를 if 로 처리하고 header에서도 그 데이터가 있는지 없는지에 따라 처리를 하면 될거 같은데요?

controller

if(로그인되어있음){
  $data['login_data'] = 모델();
} else {
 $data['login_data'] = '';
}

view (뷰에서 뷰를 호출한거라 $data를 배열로 한번 더 싸야 할지도 모릅니다.)
$this->view('header', $data);

위와 같이 하면 해결이 될지 모르겠지만 일이 많아지더라도
view안에 있는 헤더와 푸터를 controller로 빼는 것을 권해드립니다.

한번 만들고 유지보수 안할 것이면 모르겠지만 지속적으로 관리를 하다보면 더 큰 문제가 생길 수도 있습니다.

ci를 이용하다보면 controller마다 헤더와 푸터를 호출하는 것도 귀찮아서 _remap 으로 한번에 처리하거나 후킹등으로 처리를 하는데 오히려 반대로 가셨네요. controller단도 아니고 view단에서 일일이 호출.....
일이 많아지더라도 controller단으로 다시 가져오시길... ^^